办案是构建惩防体系的重要环节
《实施纲要》提出的“严格依纪依法办案，提高执纪执法水平”，是我们查办案件工作必须遵循的基本要求。
坚持依纪依法办案，应遵循党纪国法面前人人平等的思想。任何人不论职位高低，只要触犯党纪政纪，纪检监察机关就要严格依照党纪政纪予以追究。我们还要看到，违法违纪者为了逃避党纪政纪法纪的制裁，往往会极力营造适合其生存的环境，建立广泛的关系网，千方百计地干扰办案工作。面对这一现实，纪检监察机关更要发扬和保持敢于碰硬的优良传统，坚持以事实为依据、以党纪政纪为准绳，顶住压力、排除干扰，并努力克服失之于软、失之于宽的现象，严格依纪依法办案，决不允许有超越党纪政纪的特殊党员和特殊公务员存在。
坚持依纪依法办案，必须保证查办案件工作的各个环节、每道程序都符合党纪政纪和法律的规定，坚决杜绝执纪违纪的现象。《中国共产党纪律处分条例》和《行政监察法》等法规是查办案件工作的政策及法律依据，也是确保查办案件工作能够按照正确方向进行的保证。与单一的刑事和民事案件相比，纪检监察机关查办的案件往往性质较为复杂，涉及的面也比较广，这就需要我们对每一个案件、每一个涉案人员进行认真分析和甄别，正确区分不同案件的性质，保证政策和法律应用的统一性及稳定性。要建立健全规范的办案工作制度，制定科学严密的办案程序和流程，并加强纪检监察机关查办案件工作的内部监督制约机制。另外，办案人员还要牢固树立文明办案的观念，严格遵守《宪法》等法律和《党章》、《党员权利保障条例》等党内法规，切实做到惩治腐败与保护公民的合法权利并重。
坚持依纪依法办案，还必须进一步加强纪检监察机关办案队伍的建设和管理，下大力气提高办案人员的政治素质、业务水平和法律意识，夯实严格依纪依法办案工作的基础。随着反腐败斗争的深入，对办案人员掌握党纪政纪和法纪的水平要求也越来越高。中央纪委提出，要把纪检监察机关建设成学习型的机关，这就要求办案人员要更加努力地学习《宪法》、《党章》和法律法规及党纪政纪，不断地增强法律意识，提高政治素质，为做好办案工作打下坚实的基础。
充分发挥查办案件工作的治本功能
查办违纪违法案件是反腐败的一种手段，而且是对腐败分子最有威慑力的手段，但它决不是我们开展反腐败的目的，我们的目的是通过标本兼治来最终铲除腐败现象滋生蔓延的土壤。因此，查办案件工作既要保持重要的治标作用，还要充分发挥治本的功能。
《实施纲要》指出：“惩治和预防，是反腐倡廉相辅相成、互相促进的两个方面。惩治有力，才能增强教育的说服力、制度的约束力和监督的威慑力。”只有惩治，我们的反腐败就会是被动的，发现一个问题去解决一个问题，问题会永远解决不完；而只有预防，我们的反腐败也是无力的，缺乏严厉打击的力度只会导致防不胜防。仅仅依靠单一的手段或只发挥某个有效手段的单一作用，反腐败斗争都无法取得令人满意的效果。查办案件也具备教育的作用，它教育广大党员干部和人民群众认清腐败的危害性，也会威慑那些走到腐败边缘的人心有所悸从而悬崖勒马。在查办案件的过程中，教育的作用也无处不在。按照我们党惩前毖后、治病救人的方针，对轻微违反党纪政纪的人，采取说服教育的办法促其认识和改正；对虽有严重错误但经过教育能够主动承认和改正的，也要依照党纪政纪规定从轻或减轻处分。查办案件为党风廉政教育提供了强大的支持和支撑，使教育的内容更加丰富、教育的效果更加显著；同时，党风廉政教育也为查办案件发挥治本的功能提供了宽阔的舞台。
要发挥好查办案件的治本作用，就要认识到，查清了案情事实和惩处了违纪违法者只是完成了查办案件治标部分的工作，大量治本作用的工作仍需要我们去精心谋划和运作。如利用查办的案件开展警示教育，是我们发挥办案工作治本功能的重要方面，也是纪检监察机关开展党风廉政教育的优势。选择进行警示教育的案件一定要有典型性，这样才能达到教育的广泛性。在曝光典型案件时，还应注意从讲政治的高度和服从服务于改革发展稳定的大局着眼，着重深刻剖析违纪违法案件的根源及危害性，并通过剖析找出苗头性、倾向性的问题和案件发生的规律性，为进一步健全完善党纪政纪和法律法规及有关制度提供依据；同时，还要善于透过现象看本质，揭示出违纪违法问题产生的深层根源，使我们的改革能够对症下药和有的放矢，进一步在体制和机制上强化防范腐败的措施。